La plateforme BiRD propose une offre de service et une expertise en Bioinformatique à la communauté scientifique des sciences de la vie.

BiRD travaille conjointement, sur le volet bioanalyse, avec la plateforme de Génomique de Nantes qui prend en charge des projets liés aux applications de :
  • Séquençage massif (New Generation Sequencing)
  • Génotypage haut-débit
  • Puces à ADN
  • Séquencage capillaire

Ensemble, les deux plateformes constituent l'infrastructure GenoBiRD.

Implantée au sein de la SFR Santé François Bonamy, la plateforme s'appuie sur les équipes de recherche en génétique et génomique humaine de l'UMR U1087, à laquelle elle est adossée. L'un des objectifs scientifiques de ces équipes est d'élucider les mécanismes moléculaires de pathologies cardiovasculaires (mort subite, arythmies, valvulopathies, anévrismes cérébraux, etc.). Les stratégies d'analyse mises en oeuvre s'appuient sur les technologies de criblage génomique à haut-débit couplées au développement de nouveaux outils bioinformatiques dédiés, dans le but d'identifier de nouveaux marqueurs de risque dans ces pathologies.

La plateforme est également en lien étroit avec l'équipe Combi du LS2N (Laboratoire des Sciences Numériques Nantes), dont les thématiques de recherche principales se concentrent autour de la génomique comparative et de la biologie des systèmes.

Missions

Elle développe et met à disposition des méthodes et des outils innovants pour l'analyse et l'exploitation de données de génomique et transcriptomique (NGS, puces à ADN, génotypage).

La plateforme assure un accompagnement des projets d'analyse de données en génomique, depuis la définition du projet jusqu'à l'obtention de données filtrées et de bonne qualité.

Elle met également à disposition de la communauté scientifique une infrastructure à haute performance et des ressources bioinformatiques adaptées (cluster calcul et stockage) pour le traitement et l'analyse de données 'omics'. Basée sur cette infrastructure, une instance Galaxy permet aux biologistes un accès facilité aux outils d'analyse de données.

La plateforme propose également des formations dans le domaine de la Bioinformatique, comme une formation à l'analyse de données de transcriptome par puces à ADN ou une initiation à l'utilisation du langage R.

Contexte

La plateforme BiRD fait partie du réseau Biogenouest et fonctionne en étroite collaboration avec les autres plateformes bioinformatiques du Grand Ouest (Genouest et ABiMS). Ensemble, ces trois plateformes forment l'IFB-GO (pôle régional de l'IFB) qui offre plus particulièrement des services de proximité en bioinformatique à la communauté scientifique du Grand Ouest.