Le développement explosif des techniques de production de données « omiques » à haut débit, en particulier les technologies de séquençage de l’ADN, génère de nouveaux enjeux en bioinformatique concernant les outils, la gestion et l'exploitation des données, et les ressources informatiques associées.


La plateforme de bioinformatique BiRD, co-dirigée par l’institut du thorax et le LS2N, emploie six ingénieurs bioinformaticiens.

Missions

BiRD conseille, propose et développe des services en bioinformatique : analyse de données de séquençage et génotypage à haut débit pour la détection de variants, étude du transcriptome (RNA-Seq et puces à ADN). Pour cela elle travaille aux cotés de la plateforme de génomique qui prend en charge les projets de préparations de librairies et séquençage. Ensemble les 2 plateformes forme l'infrastructure GenoBiRD.

Pour toutes ces applications, BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des pipelines d’analyse bioinformatiques dédiés permettant de standardiser l’analyse depuis les données brutes jusqu’à l’interprétation biologique.

Ces services sont supportés par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée directement connectée aux séquenceurs, accessible à distance à travers plusieurs services et ouverte à la communauté scientifique quelque soit sa tutelle.

Offre

La plateforme assure :
  • un accompagnement des projets d'analyse de données en génomique, depuis la définition du projet jusqu'à l'obtention de données filtrées et de bonne qualité.
  • la mise à disposition de la communauté scientifique une infrastructure à haute performance et des ressources bioinformatiques adaptées (cluster calcul et stockage) pour le traitement et l'analyse de données 'omics'. Basée sur cette infrastructure, une instance Galaxy permet aux biologistes un accès facilité aux outils d'analyse de données.
  • des formations dans le domaine de la Bioinformatique, comme une formation à l'analyse de données de transcriptome ou une initiation à l'utilisation du langage R.