Cette formation est organisée en partenariat avec l'Inserm.

Public visé

Biologistes ou bioinformaticiens (chercheurs, ingénieurs, doctorants) souhaitant exploiter des données issues des expériences RNAseq

Pré-requis :
Avoir déjà utilisé le portail Galaxy ou avoir suivi la demi-journée de présentation Galaxy qui précède la formation RNASeq.

Objectifs

  • Comprendre les principales étapes d’analyse des données RNASeq pour une étude d’expression différentielle
  • Savoir réaliser une analyse à l’aide du portail Galaxy
  • Evaluer la qualité des données brutes
  • Aligner un jeu de données sur un génome de référence
  • Identifier les gènes différentiellement exprimés

Programme

  • Théorique
    • Présentation des outils d’analyse RNASeq dans l’interface Galaxy
    • Principe de la technologie RNASeq, objectifs, construction du plan expérimental
  • Pratique    
    • Exploration de la qualité des données (FastQC, MultiQC)
    • Alignement des séquences sur un génome de référence (STAR)
    • Analyse différentielle de l’expression des gènes (HTSeqCount, DESeq2)
    • Annotation fonctionnelle

Méthode pédagogique

Théorie : 30% / Pratique : 70%
La formation se déroule sur 2,5 jours (la demi-journée de mise à niveau Galaxy pouvant être optionnelle).
Groupe de 9 stagiaires. Chaque stagiaire dispose de son ordinateur.

Contacts

  • Inscriptions auprès de Michèle HAYS, responsable formation INSERM DR Grand Ouest, Tél : 02 40 35 86 80
  • Informations supplémentaires sur le contenu et le déroulement de la formation auprès de Raluca TEUSAN, responsable formation de la Plateforme BiRD, Tél : 02.28.08.00.54
SESSION 2018 : à Nantes, du 26 au 28 Mars.