La plate-forme Bioinformatique de Nantes met à disposition de la communauté scientifique une infrastructure informatique de type cluster associé à du stockage. Cette ressource de calcul est environnée avec de nombreux d'outils dédiés à la bioinformatique, plus particulièrement aux analyses de données NGS.

Ce cluster de calcul est composé de :

  • 6 noeuds quadri-processeurs (384 coeurs au total),
  • 2 To de RAM (4Go/coeurs)
  • associés à 150 To de stockage connecté en Infiniband.


L'accès à ce service se fait de deux manières :

- en ligne de commande, sur le serveur frontal du cluster de calcul (protocole SSH) :

ssh -X utilisateur@birdlogin.univ-nantes.fr


La soumission des tâches doit se faire par l'intermédiaire du gestionnaire de travaux (SGE).

Un wiki contient les informations nécessaires pour accéder au cluster et connaître les outils et ressources installés :

http://birdcluster.univ-nantes.fr


- avec le portail Galaxy : http://galaxy-bird.univ-nantes.fr


Cet équipement est hébergé dans le datacenter de l'université de Nantes.


Pour tous renseignements complémentaires, vous pouvez envoyer un mail à pf-bird@univ-nantes.fr